בתחילת שנת 2015 נכנס לתוקף תיקון 14 לחוק העמותות, תש"ס – 1980, שקובע, בין השאר, חובת מינוי מבקר פנימי לכל עמותה בעלת תקציב שנתי הגבוה מ – 10 מיליון ₪. ללא קשר לחובה זו, כל עמותה חייבת במינוי ועדת ביקורת או גוף מבקר.
בכך שהמחוקק קבע חובה למינוי מבקר פנימי בעמותות מסוימות, המחוקק הביע את דעתו על כך שיש לעמותות האלו תועלת בקיומה של הביקורת הפנימית, בנוסף לביקורות והבקרות הקיימות. הביקורת הפנימית, במהותה, הינה כלי ניהולי שנועד לקדם את הארגון באמצעות איתור תהליכים ובקרות שניתן לשפר בכדי לייעל ולהועיל לעסק. למרות שלמונח "ביקורת" בעברית, יש אסוציאציה שלילית, המדובר רק בבחירת המונחים בשפה – באנגלית, למשל, היא נקראת Internal Audit (לעומת Criticism). ארגונים ואנשים שעוברים ביקורת על ידי מבקר פנימי לראשונה, מגלים בדרך כלל שמטרת הביקורת אינה אישית והיא לא "מחפשת" אף אחד. הביקורת עצמה הינה חשאית על פי חוק.
מבקר פנימי של עמותה יפעל בה בדומה לארגונים אחרים כגון חברות ציבוריות ויערוך סקר סיכונים של הביקורת הפנימית. במסגרת סקר הסיכונים, המבקר ישקול גם סיכונים הנובעים מאופייה הציבורי של העמותה, השלכות על תדמיתה וכדומה. לשיקולים אלו, שבחלקם קיימים גם בחברות ציבוריות, המבקר ייתן משקל רב יותר בעמותה בהתאם לפעילותה ובתיאום עם הנהלת העמותה. מתוך סקר הסיכונים, המבקר יערוך תכנית עבודה רב שנתית והצעה לתכנית עבודה שנתית וכל זאת יובא לאישור ועדת הביקורת. גם דוחות הביקורת מובאים בפני ועדת הביקורת.
אמנם הגדרת תפקידי ועדת הביקורת דומה במידה מסוימת להגדרת תפקיד המבקר הפנימי, אבל ישנם מספר הבדלים. ראשית, ועדת הביקורת ממונה על ידי האסיפה הכללית של העמותה לעומת המבקר שממונה על ידי ועד העמותה ובהסכמת ועדת הביקורת. שנית, אמנם ועדת הביקורת מוגדרת בחוק העמותות, כולל תפקידיה וסמכויותיה, אבל החובה העיקרית בפועל על ועדת הביקורת היא אישור הדוחות הכספיים השנתיים. חבר ועדת הביקורת, אשר מבצעים את תפקידם ללא תמורה כספית, לעתים לא מכירים את תחום הביקורת הפנימית ואינם בעלי רקע וניסיון בעבודת ביקורת. אין בכך בכדי להמעיט מערכם, כי אם להדגיש שהמבקר הפנימי הוא בדרך כלל גורם מקצועי ובעל ניסיון בתחום שזהו עיסוקו המרכזי. כמו כן, המבקר הפנימי כפוף הן להוראות חוק הביקורת הפנימית וחקיקה נוספת רלוונטית והן לתקנים מקצועיים ישראלים ובינלאומיים. המשמעות של התקן המקצועי הינה שהמבקר לא עובד באופן שרירותי. כפי שהראיתי לעיל, המבקר הפנימי עובד בהתאם למתודולוגיה סדירה הן בנוגע לבחירת נושאי הביקורת והן במסגרת ביצוע הביקורת עצמה, קביעת תכנית ביקורת, בחירת דגימות, ניתוח הממצאים עריכת המלצות וכן הלאה.
החוק אמנם מחייב מינוי מבקר פנימי בעמותות בעלות מחזור של מעל 10 מיליון ₪ בשנה, אבל מאפשר מינוי מבקר פנימי גם לעמותות שלא מחויבות בכך. המבקר הפנימי לא מחליף את ועדת הביקורת גם בעמותות אלו. למעשה, בניהול נכון, המבקר הפנימי יכול להיות כלי עבודה מאוד משמעותי בידיים של חברי ועדת הביקורת.